Dåvarande utrikesministern Shimon Peres besökte det oljerika landet 1994 – tre år efter Sovjetunionens fall, som landet var en del av.
Cohen ska öppna Israels ambassad i turkmenska huvudstaden Ashgabat, bara 24 kilometer från Irans nordöstra gräns. Det blir alltså den israeliska ambassaden som ligger närmast ärkefienden Iran.
Israel har haft en ambassadör i Ashgabat i ett decennium, men han har arbetat från hotell och ett tillfälligt kontor. Nu blir det en permanent plats.
Turkmenistans gräns mot Iran är över 1 148 kilometer lång.
I samband med besöket kommer Cohen även att träffa Turkmeniens president Serdar Berdimuhamedov och utrikesminister Rashid Meredov. Han kommer också att träffa representanter för det judiska samfundet i det slutna landet, som är känt för allvarliga kränkningar av de mänskliga rättigheterna.
Cohen har just besökt Azerbajdzjan, en annan viktig allierad för Israel som gränsar till Iran. Han har med sig en delegation på 20 israeler inom cybersäkerhet, nationell säkerhet, vatten och jordbruksföretag.
Han hade också möten med Azerbajdzjans president Ilham Aliyev, utrikesminister Jeyhun Bayramov och andra offentliga företrädare.
Det har rapporterats att Azerbajdzjan sannolikt kommer att tillåta Israel att använda baser på sitt territorium för spaningsflyg över Iran och att skicka underrättelsetjänstemän till Iran för att störa landets kärnvapenprogram.
Om Israel beslutar sig för att utföra ett luftangrepp mot iranska atomanläggningar, skulle tillgång till azerbajdzjanska baser göra uppgiften mycket mer genomförbar. Azerbajdzjans största bidrag till Israels nationella säkerhet är dock olja, eftersom nästan 30 procent av Israels oljekonsumtion kommer från det shiamuslimska landet.
I gengäld är Israel den största vapenleverantören till Azerbajdzjan.