IDF meddelade att trupper skickades till platsen nära bosättningen Ma’ale Levona strax söder om Huwara i Samarien på Västbanken vid tretiden natt mot söndag. De misstänkta ska ha kastat sten mot palestinska fordon på motorväg 60.
Vid arresteringen av den maskerade gruppen sköts en 20-åring i benet som fortsatte kasta sten, enligt Times of Israel. Mannen fördes till Hadassahsjukhuset.
Händelsen inträffade när säkerhetsstyrkor sökte efter en terrorist som sköt ihjäl två israeler i staden Huwara dagen innan.
Shay Silas Nigreker, 60, och hans 28-årige son Aviad Nir sköts till döds vid en biltvättstad i staden Huwara, som har varit platsen för en rad våldsamma incidenter de senaste månaderna.
Militären förberedde sig för att förhindra israeliska bosättare från att eventuellt utföra hämndattacker och förstärkte Huwara-området med en spaningsbataljon och ett antal gränspolisteam.
Sammandrabbningar bröt under natten ut mellan säkerhetsstyrkor och palestinier i staden Beita, 3 kilometer från Huwara, där militären fokuserade sin jakt på den palestinska terroristen.
De två dödsoffren för terrorattacken var inte bosatta men hade reparerat bilen i staden. Vissa varor och tjänster är billigare där än i Israel, vilket drar kunder över gränsen trots säkerhetsrisken. Huwara har länge varit en konflikthärd på grund av en huvudgata som löper genom staden som måste användas av israeler för att resa till och från sina bostadsområden.
Planerna på att bygga en förbifartsväg för israeler för att slippa resa genom staden har dragit ut på tiden i flera år.